Déterminants sociaux et démographiques de la variation du résistome et du microbiome d'une communauté multiethnique du sud de la Malaisie

Jul 26, 2023

npj Biofilms et Microbiomes volume 9, Numéro d'article : 55 (2023) Citer cet article

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La prévalence des bactéries résistantes aux antibiotiques en Asie du Sud-Est est une préoccupation importante, mais les recherches sur le résistome intestinal et sa corrélation avec le mode de vie et les facteurs environnementaux dans la région sont limitées. Cette étude visait à profiler le résistome intestinal de 200 individus en Malaisie à l'aide du séquençage métagénomique par fusil de chasse et à étudier son association avec les données d'un questionnaire comprenant des variables démographiques et de mode de vie. Au total, 1 038 gènes de résistance aux antibiotiques appartenant à 26 classes ont été détectés avec un taux de portage moyen de 1,74 ± 1,18 copies de gènes par cellule et par personne. L'analyse de corrélation a identifié 14 facteurs environnementaux, notamment les habitudes d'hygiène, les paramètres de santé et la colonisation intestinale, qui étaient significativement associés au résistome (PERMANOVA multivarié ajusté, p < 0,05). Notamment, les individus dont les cultures de levure étaient positives présentaient un nombre réduit de copies de 15 gènes de résistance aux antibiotiques. L'analyse du réseau a mis en évidence Escherichia coli comme un centre majeur du réseau de résistomes, avec une corrélation positive avec 36 gènes de résistance aux antibiotiques. Nos résultats suggèrent que E. coli pourrait jouer un rôle central dans la formation de la dynamique du résistome à Segamat, en Malaisie, et que son abondance est fortement associée à la santé et aux habitudes de vie de la communauté. De plus, la présence de levures semble être associée à la suppression des gènes de résistance aux antibiotiques.

La résistance aux antimicrobiens constitue une menace sanitaire mondiale importante, qui devrait entraîner un fardeau financier annuel de 1 000 milliards de dollars et un taux de mortalité mondial de 10 millions d’ici 20501. Alors que des inquiétudes concernant la résistance aux antibiotiques ont été soulevées depuis les premiers jours de la découverte des antibiotiques dans les années 19402 , le rôle crucial des antibiotiques dans la thérapeutique clinique et dans l’industrie de l’alimentation animale a conduit à leur utilisation accrue au fil du temps3, entraînant une augmentation de la résistance aux antibiotiques dans le monde entier. Malheureusement, l’approche traditionnelle consistant à découvrir de nouveaux antimicrobiens pour lutter contre la résistance n’est pas durable, car le rythme de ces découvertes a considérablement ralenti4. Des efforts urgents sont nécessaires pour stopper l’émergence rapide de la résistance.

Un programme complet de gestion des antibiotiques est largement considéré comme la solution la plus efficace pour gérer l’apparition de la résistance aux antibiotiques dans un pays ou une région. La surveillance régulière des antibiotiques est essentielle à une politique efficace de gestion des antibiotiques5. Bien que la surveillance des antibiotiques soit couramment pratiquée en milieu clinique, elle est rarement utilisée dans des contextes non cliniques6, comme au niveau communautaire, malgré la tendance croissante des infections résistantes associées à la communauté, notamment le SARM et les BLSE7,8. Le manque de surveillance des antibiotiques au niveau communautaire est particulièrement vrai dans les pays à revenu faible ou intermédiaire, où la résistance aux antibiotiques est très répandue9.

L’Asie du Sud-Est est reconnue comme un foyer mondial de résistance aux antibiotiques. De nombreuses études ont mis en évidence le risque d’acquérir des gènes de résistance aux antibiotiques (ARG) suite à un voyage dans la région10,11. En outre, les communautés d’Asie du Sud-Est présentent certains des taux de portage les plus élevés de gènes de résistance aux antibiotiques. Par exemple, une communauté thaïlandaise a signalé un taux de colonisation fécale de 72,6 % par des entérobactéries productrices de BLSE, l'un des taux les plus élevés jamais enregistrés12. Cette découverte a été étayée par une méta-analyse récente, qui a identifié l'Asie du Sud-Est comme la région présentant le taux de portage d'Escherichia coli producteur de BLSE le plus élevé parmi les membres de la communauté en bonne santé13. Malgré le lourd fardeau de la résistance aux antibiotiques dans la région, des études complètes sur le profilage des résistomes font cruellement défaut. Parmi les études limitées disponibles, Pereira-Dias et al. (2021)14 ont découvert un large éventail de gènes de résistance aux antibiotiques dans une cohorte de 42 individus vietnamiens en bonne santé. Cependant, l’étude était limitée en termes d’échelle et manquait de données complémentaires sur l’environnement et le mode de vie, ce qui entravait son interprétation. Plus récemment, Li et al. (2022) ont rapporté les profils de résistance des Singapouriens grâce à la surveillance des eaux usées urbaines15. Bien que la surveillance des eaux usées soit une méthode pratique16, ses résultats dépendent fortement du système de traitement des eaux usées du pays17, qui peut sous-estimer la charge résistive réelle dans une zone. En Malaisie, les études de résistome basées sur la métagénomique sont limitées en taille et en échelle et ne sont pas spécifiquement conçues à des fins de surveillance17,18. De plus, une grande partie de nos connaissances actuelles sont basées sur des études de résistance dépendantes de la culture (par exemple19,20), qui présentent des limites inhérentes et ne peuvent pas fournir un aperçu complet du profil de résistome d'une communauté. Ce manque de connaissances entrave notre compréhension de la dynamique de la résistance aux antibiotiques dans la région, de leur interaction avec l'environnement intestinal de l'hôte et des facteurs de risque associés à l'acquisition de la diversité des ARG au sein de la communauté.